Mạc Thái Tông là người chú trọng việc khoa cử. Ông mở các khoa thi đều đặn 3 năm một lần và chọn được nhiều nhân tài, điển hình là Nguyễn Thiến (đỗ đầu khoa thi năm 1532) và Nguyễn Bỉnh Khiêm (đỗ đầu năm 1535), Giáp Hải (đỗ đầu năm 1538). Đầu năm 1536, ông sai Khiêm quận công Mạc Đình Khoa tu sửa lại trường Quốc Tử Giám.

Khi mới lên ngôi, Thái Tông thấy trong nước nhiều trộm cướp bèn ra lệnh cấm dân các xứ không được mang gươm giáo, dao nhọn và binh khí đi ngoài đường. Ai trái lệnh sẽ bị trị tội. Từ đó những người buôn bán chỉ đi tay không, không phải mang khí giới tự vệ. Do đó, theo sách Đại Việt thông sử của Lê Quý Đôn, "trong vài năm trộm cướp biệt tăm, súc vật nuôi tối đến không phải dồn vào chuồng, cứ mỗi tháng một lần kiểm điểm lại".

Liên tiếp trong mấy năm được mùa, nhân dân được no đủ, trong nước được yên ổn. Sách Đại Việt Sử ký Toàn thư ghi nhận thời thịnh trị của Mạc Thái Tông: "Đêm ngủ không cần đóng cửa, ngoài đường không nhặt của rơi".

Đối ngoại

Thời Mạc Thái Tông, nhà Minh mấy lần mang quân áp sát biên giới, mượn cớ giúp nhà Lê để đánh Đại Việt. Mạc Thái Tông một mặt tăng cường phòng bị, tập luyện quân đội.

Ngày 14 tháng 5 năm 1539, ông sai Nguyễn Văn Thái và tùy tùng sang Trấn Nam Quan (鎮南關) ở Quảng Tây dâng biểu "xin hàng",[3] biện hộ rằng Lê Duy Ninh là con của Nguyễn Kim được dựng lên, không phải dòng dõi nhà Hậu Lê. Nhà Minh muốn để cho hai phe đánh nhau nên án binh không tiến nữa.

Ngày 25 tháng 1 năm 1540, Mạc Đăng Doanh qua đời, không rõ thọ bao nhiêu tuổi, thụy hiệu là Khâm Triết Văn Hoàng đế (欽哲文皇帝). Thượng hoàng Mạc Đăng Dung lập con trai Đăng Doanh là Mạc Phúc Hải lên ngôi, tức là Mạc Hiến Tông.